設館長一名，副館長一名。目前組織下設有圖書館事業發展組、館藏發展及書目管理組、知識服務組、特藏文獻組、數位知識系統組、國際合作組、秘書室、人事室、政風室、主計室及南部分館。另設有漢學研究中心、國際標準書號中心、書目資訊中心、出版中心及國家聯合典藏中心之任務編組。